A Magyar Királyság közigazgatási alapegységeként a vármegye a honfoglalást követően jött létre, kialakításában kiemelt szerepet játszott I. (Szent) István király. A vármegye központja a királyi vár volt, amelynek élén az ispán állt. Az ispán feladatai közé tartozott a katonai vezetés, az igazságszolgáltatás, az adószedés és a királyi birtokok kezelése. A 11–12. századra mintegy 40–50 vármegye működött, elsősorban az alföldi, dunántúli és felvidéki régiókban.
A tatárjárás (1241–1242) súlyosan érintette a vármegyéket, különösen az alföldi területeket. A pusztítás következtében felgyorsult a kővárépítés és a királyi birtokok újraelosztása. A királyi birtokok egy része világi főúri családok kezére került, ami hozzájárult a nemesi vármegye kialakulásához.
A 13–14. századra a vármegye intézménye önálló közigazgatási és politikai egységgé vált. A főispán a király képviselőjeként, az alispán a nemesség választott képviselőjeként működött, a szolgabírák pedig a helyi igazságszolgáltatást látták el. A megyei közgyűlés biztosította a nemesség részvételét az önkormányzati döntésekben.
A településszerkezet a földrajzi viszonyokhoz igazodott: a folyóvölgyekben sűrűbb településhálózat, a hegyvidéki térségekben ritkább, de stratégiai jelentőségű központok alakultak ki. A gazdasági tevékenység központját a mezőgazdaság, a bányászat és a kézműipar képezte. A Felvidék és az erdélyi hegyvidékek különösen a bányászat és kohászat révén váltak jelentőssé.
A 16. században a Magyar Királyság három részre szakadt: Királyi Magyarország, Erdélyi Fejedelemség és az Oszmán Birodalom által ellenőrzött területek. A vármegyék státusza e térképi és politikai átrendeződés következtében módosult: a végvári rendszer kiépítése katonai és gazdasági terheket rótt a lakosságra; a bányászat és kohászat a hadi szükségletekhez igazodott; a felekezeti viszonyok a reformáció és az ellenreformáció során politikai jelentőséggel is bírtak.
A 17. század folyamán a rendi felkelések, a Bocskai-féle, Bethlen-féle és Rákóczi-féle hadjáratok jelentős pusztítást okoztak, ugyanakkor a vármegyei intézmények – alispán, szolgabírák, nemesi közgyűlés – fennmaradtak.
A török kiűzése után a Habsburg-kormányzat centralizált közigazgatási modellt vezetett be. A főispáni hivatal és a királyi kamarai szervek szerepe megnőtt, a vármegyei autonómia mérséklődött. A 18. század folyamán betelepítési politikák indultak a megye elnéptelenedett területeinek újrahasznosítására: szlovák, német, ruszin és román telepesek érkeztek, kiegészítve a magyar és helyi közösségeket.
A mezőgazdaság, az állattenyésztés, a bányászat és a helyi kézműipar fokozatos modernizációja révén a vármegye gazdasági integrációja erősödött. A felekezeti pluralizmus (katolikus, református, evangélikus, görögkeleti) a társadalmi élet meghatározó eleme maradt.
A vármegyei közgyűlések a politikai reformok színterei voltak. A 1848–49-es forradalom és szabadságharc következményeként: eltörölték a jobbágyságot; a köznemesség szerepe átalakult; a Habsburg-kormányzat ideiglenesen felszámolta a vármegyei autonómiát.
A neoabszolutista Bach-korszak központosított közigazgatási rendszert hozott létre, amelyben a korábbi rendi intézmények helyét állami hivatalnoki struktúra váltotta fel.
Az 1867-es kiegyezés után a vármegyék autonómiája visszaállt: a főispán és alispán szerepe meghatározó maradt; a közgyűlés újra döntéshozó fórumként működött.
A mezőgazdaság modernizálódott, a vasúthálózat és a bányászat fejlesztése élénkítette a gazdasági életet. A nemzetiségi kérdés – román, szlovák, német, ruszin közösségek – a politikai és közigazgatási működésben folyamatos kihívást jelentett.
Az 1914–1918 közötti háború súlyos gazdasági, társadalmi és közigazgatási terheket rótt a vármegyékre. A trianoni békeszerződés (1920) következtében a 72 vármegye túlnyomó része elcsatolásra került:
Csehszlovákia, Románia, Jugoszlávia és Ausztria fennhatósága alá, a magyarországi vármegyék jelentős területcsökkenéssel működtek tovább.
Az impériumváltás következtében megszűnt a magyar közigazgatási rendszer, a helyi bányavidékek, vasúti kapcsolatok és mezőgazdasági piacok jelentős része új államhatárok mögé került.
Az első bécsi döntés (1938) ideiglenes visszacsatolást eredményezett a történeti vármegyék egy részében.
A második világháború végén a határok ismét a trianonihoz igazodtak, a történeti vármegyerendszer megszűnt.
1950-től Magyarországon a vármegyéket új közigazgatási megyerendszer váltotta fel (19 megye). A határon túli területeken Csehszlovákia, Románia és Jugoszlávia közigazgatási rendszere megszüntette a történeti vármegyéket.